公司用支付宝发工资，可能会面临以下法律风险点：
1. 税务追征风险：税务机关对于未缴或少缴税款的追征期一般为五年。例如，公司长期通过支付宝发放工资但未代扣代缴个人所得税，五年内被税务机关稽查发现，公司需补缴税款，员工个人也可能需要补税，并面临滞纳金和罚款。
2. 个人信用记录影响风险：未按规定缴纳个人所得税可能会影响个人信用记录。比如，员工因公司用支付宝发工资未正确申报个税，导致个人存在欠税记录，这会被记入个人信用报告，对个人贷款、购房、出行等方面产生不良影响。
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公司用支付宝发工资是否会缴税，取决于该笔收入的性质。以下为您详细分析不同情况下的税务处理：
公司用支付宝发工资，若属于个人所得，通常需要缴纳个人所得税。

1. 若存在支付的性质为工资薪金所得：即员工与公司存在雇佣关系，公司通过支付宝发放的是其因任职或受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得，那么该收入属于《中华人民共和国个人所得税法》规定的应纳税所得，需要缴纳个人所得税。
2. 若存在支付的性质为劳务报酬所得：即个人独立从事各种非雇佣的劳务所取得的所得，公司通过支付宝支付此类报酬，也属于个人所得税的征税范围，需要缴纳个人所得税。
3. 若存在支付金额超过免征额：对于工资薪金所得，居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。若支付宝发放的工资超过此免征额及各项扣除后的余额，超出部分需缴纳个人所得税。
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公司用支付宝发工资是否缴税，其法律依据主要来自《中华人民共和国个人所得税法》。
根据《中华人民共和国个人所得税法》（最新修订版）第二条规定：“下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：（一）工资、薪金所得；（二）劳务报酬所得；……”。公司用支付宝发工资，该工资属于上述法条中的“工资、薪金所得”。只要员工与公司存在雇佣关系，其通过支付宝获得的工资收入，无论支付方式是现金、银行转账还是支付宝，都不改变其“工资、薪金所得”的性质。因此，根据该法律规定，公司用支付宝发放的工资属于应当缴纳个人所得税的范畴，结论是会缴税。
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公司用支付宝发工资时，存在一些特殊情况或例外情形会影响税务处理：
1. 支付为赠与或借款：如果公司通过支付宝转给员工的款项性质是赠与或借款，而非工资、薪金或劳务报酬所得，则可能不涉及个人所得税。例如，公司在员工生日时通过支付宝发放的小额生日礼金，若符合赠与的性质且金额较小，可能不被视为应税所得；或者员工因个人原因向公司借款，公司通过支付宝转账，此款项也不属于应税收入。这种情况下，该支付宝支付行为不产生缴税义务。
2. 员工为非居民个人：若员工是非居民个人，其通过支付宝取得的工资薪金所得，按照《中华人民共和国个人所得税法》规定，按月或者按次分项计算个人所得税，与居民个人的综合所得按年合并计算有所不同。这会影响应纳税额的计算方式和申报期限，公司在代扣代缴时需适用不同的计税方法。

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