在“底薪工资是否会扣税”的一般判断之外，还存在一些特殊情况或例外情形会影响处理结果。
1、员工属于非居民个人的情况。根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条，非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额。这与居民个人按年计算综合所得不同，非居民个人按月计算，且没有专项附加扣除（部分情形除外）。如果员工是外籍人士等非居民个人，其底薪工资扣税的计算方式会有所不同，可能更容易达到扣税标准。
2、员工存在多处工资薪金所得的情况。如果员工除了当前工作的底薪工资外，还从其他单位取得工资薪金收入，那么在计算个税时，需要将多处收入合并。即使单份工作的底薪工资未达到扣税标准，但合并后可能就需要扣税。例如，某人在A公司底薪4000元，在B公司兼职底薪3000元，单独看两份底薪都未超5000元，但合并后月收入7000元，减除5000元起征点后就有2000元需要纳税。
3、享受特定税收优惠政策的情况。如某些地区或特定行业的员工可能享受税收减免政策，其底薪工资在计算应纳税所得额时可能会有额外的扣除或优惠，从而影响是否扣税以及扣税金额。例如，部分高新技术企业的员工可能享受研发费用加计扣除等相关税收优惠，导致其底薪工资部分的应纳税所得额减少。
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“底薪工资是否会扣税”的问题背后，可能隐藏着一些法律风险点。
1、因对底薪工资扣税政策理解错误导致的税务风险。例如，某员工底薪为6000元，公司未为其缴纳五险一金，该员工误认为底薪未超过5000元起征点就不扣税，而实际上其月收入额6000元减除费用5000元后，应纳税所得额为1000元，需要缴纳个人所得税。若公司未代扣代缴，员工个人也未申报，就可能面临补缴税款和滞纳金的风险。
2、公司未依法代扣代缴底薪工资部分个税的法律风险。如果公司在支付包含底薪在内的工资时，未按照规定代扣代缴个人所得税，税务机关可能会对公司处以罚款，同时员工个人也需要承担补缴税款的责任。比如，某公司支付给员工的底薪加上奖金后远超起征点，但公司未进行个税代扣，税务部门查处后，公司将面临处罚。
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在处理“底薪工资是否会扣税”的问题时，一些常见的错误操作可能会导致不必要的麻烦。
1、忽视专项附加扣除的申报：很多人误以为底薪工资不高就不用申报专项附加扣除，这是错误的。即使底薪较低，但加上其他收入后可能达到纳税标准，申报专项附加扣除可以有效减少应纳税额，不申报则可能多缴税款。
2、不清楚工资构成中哪些部分应纳税：部分人对底薪与奖金、津贴等的税务处理不了解，可能错误地认为只有底薪需要纳税或所有收入都无需纳税，从而导致对扣税情况产生误解或漏缴、错缴税款。
3、不保留工资条和纳税凭证：有些人不重视工资条和个人所得税缴纳凭证的保存，当对底薪工资扣税有异议时，无法提供有效的证据来维护自己的权益，增加了维权的难度。
如果您在底薪工资扣税方面有过类似的错误操作或担忧，建议进一步向律师咨询如何补救和避免。
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关于“底薪工资是否会扣税”，这需要结合具体收入情况来看。一般而言，底薪工资达到个人所得税起征点且扣除相关费用后仍有余额的，是需要扣税的。
如果或若底薪工资加上其他工资收入（如奖金、津贴等）后的月收入额，在减除五险一金等专项扣除以及5000元起征点后仍有余额的，该余额部分需要缴纳个人所得税。
如果或若底薪工资本身较低，加上其他工资收入后，在减除五险一金等专项扣除以及5000元起征点后没有余额甚至为负数的，则底薪工资部分不需要缴纳个人所得税。

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